《轩辕剑肆》的时代背景设定于距今两千两百年前，刚消灭战国六雄、完成“大一统”霸业的中国秦朝。故事背景，也延续了系列第三作《轩辕剑外传～枫之舞》的若干相关设定。主角是一位墨家年轻的女弟子，她目睹墨家在秦人不断围剿下，逐渐步入没落、败亡的惨状，不禁焦心如焚。她为了打破墨家奄奄一息的灭亡命运，决心勇敢无视墨家的禁令，去私下探索过去墨家严令禁止去研究的两百年前失传古科技──“机关术”。由于机关术的研究，她慢慢又无意间接触到了另外两股更加神秘的古文明力量，亦即华夏上古时期的“云中界”力量，以及古代神秘蜀文明的超科技终极兵器“黑火”。这三股彼此互相纠结的力量，将故事慢慢引导进入力量冲突的最高潮，让人不禁要去省思：何谓力量的真谛？以及力量最后所可能带来的文明反噬。