《幻想三国志2》承袭了前作三国历史、武侠、神话、爱情的风格，有弹性的剧情变化，丰富且耐玩的系统，主角设定摆脱了以往与众多女孩感情暧昧不明的形象，而影响结局的条件也不再受限于男女感情的选择，主角的价值观与游戏系统的应用也都将是影响分歧的主要因素。 三国历史的另一种诠释 故事约在一代的十年前左右，也就是大约在公元一九六年，董卓旧部属李傕、郭汜势力被灭，曹操迁献帝于许昌开始，两股势力渐渐形成─欲覆灭汉室的“暗行七众”、以及积极振兴汉室的“护凰血族”。而主角便是一个原为马腾势力的西凉召德村中，一个立志成为天下第一有钱人的贫困少年楚歌。 协助黄帝打败蚩尤的神兽应龙，战后因感染邪气而堕入人间，临死前其指爪化为“青龙剑”、眼化为“赤龙珠”、心则化为历代传承的“玉龙玺”，传说只要能拥有其中一样，便能雄霸一方成为王者，若三者龙气合一，则天下尽得。 黄帝在昆仑山东北的槐江山顶，有一个美丽的花园“悬圃”。在游戏中，游戏性的核心就是悬圃的开发及运用决策为主，举凡宝物生成、变化、环境建设、神佑加持、化印进化等，都必需透过悬圃的特殊能力才可办到，而悬圃开发、使用的程度，甚至可能影响最后的结局。 晶魄系统追加旋转、浓缩 游戏中每个敌方人物都带有“晶魄”，这些晶魄都具有不同的能力，只要将之镶进适合的装备之中，便可以发挥作用。装备可分为“武器”“头具”“甲胄”“靴子”及“装饰品”。每个晶魄可以镶嵌的部位不同、大小不同、形状也不同。 二代对晶魄还提供了额外的功能，旋转、缩小、甚至到合成，都可能在游戏中实现。

“化印”系统
随著游戏的进行，玩家将遇到一位神秘的小女孩“蜜儿”，被她所吸附的神兽精妖，就会变成“化印”而与蜜儿共生，蜜儿可随意引出体内的“化印”，当体内的化印一旦被引发，外在的形体也会随之改变，战斗的特质也将完全变得不一样。 所有的化印兽经由锻练及培养，及透过悬圃的神性净化与赋予，将可以进化为更强力的能力与形态，至于该怎么去培养及进化，就全凭玩家如何的培养及取舍。

战斗系统的变更
在战斗系统和前作的比较之下，上手变得更为简单，部份的设定也简化了许多。在战场数量的配置上，敌方由原本的5×5方位格，精简为5×4共20个方位格，除了避免因画面的卷动而影响玩家纵观全场的视线外，对于战斗的节奏、选择目标造成的的遮蔽死角等，都有非常大的帮助。